Mi consejo es que no busques muchas rutas alternativas y que, como dices, vayas 3(mejor que 2) días a Praga, que creo que es tiempo suficiente para visitarla(tienes mogollón de cosas que ver pero la ciudad tampoco es gigante, llegas muy rápido a los sitios). Yo estuve 4 días. Me enamoró.
Si vas de discoteca en Praga, vete al Cross-Club, está pero que guapísimo; decorado como si fuese un sitio antiguo pero con maquinas robotizadas, un lugar muy curioso, a todos nos gustó mucho. Además tiene muchas salas que van por todos los palos, desde sesiones de electrónica con la gente entregadísima, hasta conciertos de djembé con la gente toa fumada jeje.
Y después de Praga, que pases el resto del tiempo en Berlín, porque eso ya sí que es un ciudadón. Hay muchísimo que ver y que hacer; de entre todo lo que yo visité te recomiendo que hagas un tour en el que te muestran el interior de antiguos búnkeres subterráneos durante la Guerra Fría(con guías argentinos que se explican muy bien y hacen una exposicion muy divertida y a la vez detallada de todo, dura como 2 horas y cuesta 7 u 8 euros, muy bueno) y que preguntes y te acerques por Club Zapata, que es una antigua nave, utilizada hoy en dia como casa "okupa"(normalizada" por el ayuntamiento), en la que tienes un trillón de artistas que pintan y venden sus creaciones asi como posters de las mismas de todos los estilos, formas, tamaños y precios, y luego tiene además 2 pubs unidos en los que suele haber conciertos, por la noche pinchan DJ´s, etc.
Y bueno, en tema fiestero hay de todo, mil discotecas y pub´s, y claro, la cerveza buenísima, jeje
Nosotros estuvimos en una discoteca que se llama Tresor, que esta situada en el interior del antiguo banco alemán, siendo la cámara acorazada la pista de baile. Como local no tiene desperdicio, está genial, aunque la música es demasiado txumba-txumba pa mi gusto jeje . La entrada cuesta 5 euros creo, muy barata.
De Berlín a mí me fastidió mucho irme, fueron 5 días de putísima madre, es un ciudadón.
De Praga también , aunque fué un viaje un poco más en plan desfase y no me acuerdo de demasiadas cosas jeje.
Por cierto, en Berlín te moverás muy rápido en metro. El tranvía sólo lo hay en la zona oriental. En Praga yo creo que puedes hacerlo todo a pie menos lo del Cross-Club que hay que coger el metro.
Suerte con el viaje y espero que estas ciudades te gusten tanto como me gustaron a mí.
Saludos!