Hola David: Puedes entrar en
http://www.alemania-turismo.com/ESN/a_d ... 1QodWyeNnQ donde encontrarás un montón de info sobre Alemania y en especial, la Selva Negra. Es una página con muchísima información interesante que puede ser la base de la planificación de tu viaje. Tiene, como verás, un mapa interactivo y detalles de cada uno de los lugares para visitar. También puedes ver
http://espanol.interrailnet.com/enes/2_ ... on_germany que tiene mapas muy completos e info sobre ciudades, etc.
Aparte del tren, los buses interurbanos nos han dado muy buenos resultados para las visitas a poblaciones vecinas, con calma y con comodidad. Nosotros los hemos tomado, por ejemplo, desde Salzburgo a localidades cercanas con lagos preciosos para pasar el día y comer en una taberna local.
En cuanto a alojamiento, pudes buscar en
http://www.ibishotels.com que como sabes, son hoteles de ciudad, básicos, pero cómodos y a buenos precios, cercanos, en general, a las estaciones del tren. Otra alternativa que a mi y a mi mujer nos gusta, es la de seleccionar una "base" y de allí hacer visitas diarias a los lugares de enterés. Hemos encontrado en
http://www.homelidays.com casas, estudios y apartamentos muy convenientes en precio para estancias de tres días en adelante (a veces, desde uno o dos días y otras, mínimo una semana). Allí puedes encontrar alojamientos en ciudad y en el campo. Otra cadena de alojamientos muy convenientes que hemos utilizado en varias oportunidades en Alemania, es
http://www.landidyll.com Son establecimientos muy pintorescos, generalmente en la arquitectura tirolesa, excelentes en servicio, y a precios bastante accesibles. Lamentabemente, su página está ahora solo en alemán, pero los precios y las fotos se explican por sí mismas.
En resumen, para un viaje exitoso, hay que hacer los deberes con calma antes de partir. Espero que esta guía te sea de utilidad, aunque no te ahorrará las horas y horas de planificación que pasarás enfrente del ordenador!

Para mí, la organización de un viaje es casi tan apasionante como el viaje mismo. !Buen Viaje!